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LigandSount - 三维药效团模型构建系统介绍  

2011-05-13 10:11:23|  分类: Drug Design |  标签: |举报 |字号 订阅

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2005年,茵斯布鲁克(Innsbruck)大学的专业药物设计团队根据其多年在药物研发领域的经验,结合前沿的信息和图形技术,开发了以3D药效团模型构建为核心的工具LigandScout,为药物研究人员提供了非常便捷的药效团分析平台。LigandScout有效结合了受体/配体作用信息的分析、配体分子化学特性智能识别与聚类、以及精确快速的构象搜索和分子叠合算法,其构建模型能够帮助研究者在高通量虚拟筛选中更为有效的发现具有活性的先导化合物。此外,LigandScout简洁、精美的操作界面一直深受药物设计研究者的好评。目前全球著名药物研发机构(National Institutes of Health等)和制药公司(Sanofi Aventis, Merck等)已成为Inte:ligand的合作伙伴和用户。目前,LigandScout在学术科研领域的应用已呈指数级增长,已有多达百余篇学术论文应用 LigandScout开展诸如HIV逆转录酶抑制剂的各类研究 。
 

特点

  • 自动解析蛋白受体PDB结构中受体小分子信息构建药效团模型;
  • 智能的配基结合位点化学特性识别功能(氢键,电荷、亲脂性区域、金属结合位点、π- π堆积作用);
  • 智能处理辅因子、离子、水分子、金属离子(Fe, Mg, Zn)结合位点信息;
  • 快速而精确的构象搜索(平面环、官能团、分子杂化态和Kekulé特征的自动识别) ;
  • 分子叠合以及药效团合并与插入操作;
  • 多种分子结构二维显示方式,全特性的三维图形界面,结合便捷的返回操作设置帮助用户更为快速、清晰地识别蛋白受体与配体复合的活性作用位点,并对构建的药效团进行各类操作;
  • 支持多种药效基团模型输出格式,方便用户使用Catalyst, MOE,Phase等软件对建立的药效基团模型进行虚拟筛选分析。

 

LigandScout 3.0集 Inte:ligand多年的科研经验与最新技术于一体, 集合九大功能模块,为用户提供更具实用性的药物设计和虚拟筛选分析平台。

  • 有效结合受体结构信息与配体小分子化学特性构建3D药效团模型
  • 基于分子化学特性的药效团模型
  • 基于受体蛋白结构的信息计算非优化区域
  • 结合受体与非受体结构信息的药效团模型构建功能
  • 优化的分子叠合算法
  • 优化的药效团合并与插入操作
  • 准确应用MMFF94力场生成高质量的几何结构
  • 构象生成功能
  • 智能异构体列举功能

高通量虚拟筛选平台

  • 小分子化学特征的自动识别与聚类 
  • 小分子化学特征的权重计算
  • 自动建立训练数据的功能
  • 高精度药物虚拟筛选平台
  • 全面的药物虚拟筛选评价体系(如ROC分析、富集)

计算资源的优化

  • 3D小分子库生成和管理功能
  • CPU资源优化功能
  • 精美的图形生成能力为您的文章和报告锦上添花,所有功能模块都将以精美、直观的2D/3D界面所展示

系统要求

内存:2 GB 
显卡:支持OpenGL
操作系统:微软Windows, 苹果 MacOS X (Tiger or Leopard), 以及各种Linux系统 


摘自:http://bioyu.com/biorefer/html/chanpinmulu/LigandScout/2010/0730/1.html
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