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阿飞与安达

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Ubuntu 下安装RDkit方法步骤(原创)  

2011-04-26 20:00:29|  分类: Linux_Ubuntu |  标签: |举报 |字号 订阅

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转载请注明出处及链接
1 首先到官网http://www.rdkit.org下载后缀为tgz的安装包
2 解压该压缩包,把解压后的文件我放到了/home/lw/software 文件中(为了后边设置环境变量方便),阅读文件INSTALL 这个文件,里边有具体的安装步骤,但是是纯英文的,对于外行来说有点困难,所以我在这里进行简单的介绍
3 首先在新立得上安装一下几个安装包:cmake,flex,bison,sqlite3,python_dev,numpy
4 安装boost-devel package,包括boost-python,boost-thread,boost-regex
5 设置环境变量,在终端中输入 gedit ~/.bashrc ,编辑打开的文档,输入一下内容:
        export RDBASE=/home/lw/software/RDKit_2011_03_2
        export PYTHONPATH=$RDBASE
        export LD_LIBRARY_PATH=$RDBASE/lib
   保存关闭,即可,然后注销电脑
6 在终端输入:cd $RDBASE
                           mkdir build
                           cd build
                           cmake ..
    
7 完成之后,继续输入make,之后输入make install,应该就可以了。等待,这个等的时间比较长,要耐心等待
8 在终端输入 cd $RDBASE/build
                         ctest
     查看是否安装完全

9 实例测试,用python进行的测试,把化学分子的smiles直接转换出分子结构的图片
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw

def depict_pic(smiles='c1ccccc1',mol_name='benzene',size=(300,300),kekulize=True,wedgeBonds=True):  
    mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
    #mol_name ='/home/liuwei/' +  mol_name + '.jpg'
    mol_name = mol_name + '.jpg'
    Draw.MolToImageFile(mol,mol_name,size,kekulize,wedgeBonds)

if __name__ == '__main__':
    depict_pic(mol_name = 'test')'''
把这段代码复制到一个文档中,并保存为test.py ,在终端运行 python test.py ,应该会在同一目录下生成名字为test的一个.jpg 图片,图片为苯的分子结构图
8 至此,RDkit安装完毕
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